農會業務基本上有信用、推廣、供銷、保險四大部門，總幹事實際掌管所有資源，雖然名為向理事會負責，但在農會選舉綁樁、拔樁、固樁激烈攻防戰中，理事早已淪為總幹事的樁腳。最近已有媒體報導，花蓮縣傳出有農民，拿到一萬元的「前金」，且簽下承諾書，承諾當選農會會員代表後，要支持資助人屬意的理事名單，理事再圈選安排好的總幹事候聘人。
農會總幹事之所以受各界覬覦，還是在於龐大的政經利益，其握有農民動員系統及農會信用部，尤其是信用部。事實上，全國三百零二家農會中，就有二百六十四家設有信用部，信用部長期以來扮演地方金庫的角色，而總幹事更是掌握放款、貸款的生殺大權。
也因為過去違法超貸事件不斷，農會的逾放比九十一年底高達18.62％，在民進黨政府進行農會金融改革後，今年九月底為5.48％，但仍較一般銀行的2％高出一倍。沒想到農委會這個月又放寬十二家農會重新申設信用部，完全無視於全球金融風暴的信用緊縮，只為國民黨遂行綁樁、佈樁的政治目的。
雲林、南投已有農會的理監事找黑道，向表現績優總幹事放話威脅，要求不得參選，有的以可留在農會上班，做為不參選的條件交換，多位總幹事向農委會投訴，但農委會以不是治安單位為由，拒絕出面處理。
四年一度的農會總幹事改選即將展開，農委會卻在上月底公告修正「農會總幹事遴選辦法」，讓農會理、監事年資併入計算，以取得總幹事候聘人資格；但修改辦法已明顯違反母法農會法，立委批評，國民黨為了明年縣市長、四年後的總統大選綁樁，阻礙農會改革，讓「地方派系的怪獸」又回到農會。
事實上，農會法早在七十七年修法即規定總幹事候聘資格，須具備在機關、學校或農業、金融機構或農民團體一定服務年資，並取得「相當委任」、「相當薦任」證明，換句話說，在這些機構任職必須是「專任」、「領有俸給」，等於排除理、監事資格；而農會法第二十一條、二十九條也清楚規定，理監事是無給職，且限於會議行使職權。
台灣農民聯盟前主席蘇偉碩認為，新修正的公告不僅出現「子法逾越母法」，「子法無效」的問題，若造成選舉不公平，落選人也可以提出行政訴訟來救濟，甚至可向監察院檢舉。他也認為，農委會此舉只會讓總幹事當選合法性受到質疑，最後犧牲的是農民權益。
立委潘孟安批評，國民黨政府為了自身選舉考量，不惜把農會總幹事選舉的遊戲規則改變，阻擋農會革新，讓新血無法注入，舊勢力趁此復辟。
因「海角七號」一炮而紅的南投縣信義鄉農會小米酒「馬拉桑」，總幹事黃志輝儼然成為全國最紅的農會總幹事，上月才獲得農委會「金推獎」。他認為，總幹事是農會的靈魂人物，應定位為「專業經理人」，才能改革農會，因此學經歷資格更該加嚴，不能放寬。【鍾麗華 自由11.13.2008摘要】
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